1935 hatte Hitler intern gegenüber Vertrauten angekündigt, im Falle eines Krieges die Vernichtung sogenannten lebensunwerten Lebens anzugehen. Mit dem Zweiten Weltkrieg begann in Deutschland auch der systematische Mord an Menschen mit psychischen Erkrankungen und geistigen Behinderungen. Als Legitimation diente eine auf den Tag des Kriegsbeginns rückdatierte »Führerermächtigung«, mit der Hitler den Leiter der »Kanzlei des Führers«, Philipp Bouhler, und seinen Begleitarzt Karl Brandt beauftragte, »die Befugnisse namentlich zu bestimmender Ärzte so zu erweitern, daß nach menschlichem Ermessen unheilbar Kranken bei kritischster Beurteilung ihres Krankheitszustandes der Gnadentod gewährt werden kann«. Mit diesem Schreiben sollten die geplanten Patiententötungen legitimiert werden und als Akt der Erlösung erscheinen.
Die Vorbereitung und Durchführung der Mordaktion übernahm die »Kanzlei des Führers«, die Hitler als Privatkanzlei unmittelbar unterstand. Innerhalb der »Kanzlei des Führers« lag die administrative Leitung der Patiententötungen federführend bei Bouhlers Stellvertreter Viktor Brack.
Zur Geheimhaltung des »Euthanasie«-Programms wurden verschiedene Tarnorganisationen gegründet. Unter dem Namen »Reichsarbeitsgemeinschaft Heil- und Pflegeanstalten« (RAG) trat die »Euthanasie«-Zentrale nach außen auf. Weitere Tarnorganisationen waren die »Gemeinnützige Krankentransport GmbH« (Gekrat), die die Patiententransporte in die Zwischen- und Tötungsanstalten durchführte, die »Gemeinnützige Stiftung für Anstaltspflege«, die als Arbeitgeber des »Euthanasie«-Personals in Erscheinung trat, schließlich die erst im April 1941 gegründete »Zentralverrechnungsstelle Heil- und Pflegeanstalten«, die die finanzielle Abwicklung mit den Kostenträgern übernahm.