Irmfried Eberl wurde 1910 als Sohn eines Gewerbeinspektors in Bregenz in Österreich geboren. Zwischen 1928 und 1935 studierte er Medizin in Innsbruck und trat Ende 1931 der österreichischen NSDAP bei. Weil er wegen seiner politischen Überzeugung keine staatliche Anstellung in Österreich fand, ging er 1936 nach Deutschland. Hier arbeitete als Arzt in verschiedenen Einrichtungen und trat 1937 als wissenschaftlicher Referent in das Hauptgesundheitsamt Berlin ein.
Zum 1. Februar 1940 übernahm er die Leitung der T4-Tötungsanstalt Brandenburg und wechselte im November 1940 mit dem gesamten Personal in die Tötungsanstalt Bernburg. Als Überzeugungstäter setzte sich Eberl für eine Verbesserung der »Euthanasie«-Organisation ein und arbeitete am geplanten »Euthanasie«-Gesetz mit. Im Frühjahr 1942 nahm er am »Osteinsatz« der T4-Mitarbeiter in der Sowjetunion teil.
Anschließend beteiligte er sich im Rahmen der »Aktion Reinhardt« am Aufbau des Vernichtungslagers Treblinka und übernahm dessen Leitung. Im August wurde er aufgrund der chaotischen Zustände im Lager als Kommandant abgelöst.
Nach Kriegsende ließ sich Eberl zunächst unbehelligt als Arzt in Blaubeuren nieder. Fünf Wochen, nachdem er in Untersuchungshaft genommen worden war, beging er am 16. Februar 1948 Selbstmord.