Werner wurde 1925 als Sohn eines Reichswehrsoldaten in Potsdam geboren und wuchs gemeinsam mit seinem älteren Bruder bei seinen Eltern auf. Als Kind erlitt er erstmals einen Krampfanfall. Später traten erneut Anfälle auf, die 1932 zu seiner Aufnahme in die Landesanstalt Potsdam führten.
Die Ärzte gingen von einer Gehirnschädigung infolge einer Keuchhustenerkrankung aus. Zunächst besuchte Werner die Anstaltshilfsschule, später die praktisch orientierte »Lebensschule«. Aber auch die dort gestellten Aufgaben konnte er nicht erfüllen. Seine Familie hielt engen Kontakt zu ihm, regelmäßig verbrachte er Weihnachten zu Hause.
Allgemein galt Werner als kindlich und umgänglich. Ab 1938 wurde er jedoch häufig als reizbar und konfliktbereit beschrieben. Eine im Oktober 1940 durchgeführte Intelligenzprüfung ergab, dass der nun 15-jährige an Aufgaben für Neunjährige scheiterte.
Sein Tod war zu diesem Zeitpunkt wahrscheinlich bereits beschlossen: Wegen seiner erworbenen Epilepsie war er für Ärzte ein interessantes Forschungsobjekt. Am 28. Oktober 1940 wurde Werner in der T4-Tötungsanstalt Brandenburg ermordet. Anschließend entnahm man sein Gehirn, um es im Kaiser-Wilhelm-Institut für Hirnforschung in Berlin-Buch zu untersuchen.